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小分子模拟筛选

宝策生物是国内最早提供分子动力学模拟服务的供应商之一

商品介绍

    分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟是近年来飞速发展的一种分子模拟方法,它以经典力学、量子力学、统计力学为基础,利用计算机数值求解分子体系运动方程的方法,模拟研究分子体系的结构与性质。作为继实验和理论两种研究方法之后,研究分子体系结构与性质的第三种科学研究方法,分子动力学模拟已经被广泛应用于化学化工、材料科学与工程、物理、生物医药等科学和技术领域,起到越来越重要的作用。该技术不仅可以得到原子的运动轨迹,还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的有力补充。主要优点:动态的研究方法、丰富的分析手段、可与分子对接、药效团等分子模拟方法无缝结合等。

分子动力学模拟


分子动力学模拟的研究内容

  • 大分子与小分子相互作用(药物与靶标相互作用)

  • 大分子之间的相互作用(蛋白-蛋白相互作用)

  • 溶剂与溶质相互作用

  • 大分子、小分子三维结构的优化

  • 结构与功能、性质的关系


可选的分析项目

  • 分子构象采样(聚类分析、优势构象识别)

  • 相互作用分析(氢键网络、Contact-Map)

  • 结合自由能计算(MM-PBSA、TI、FEP)

  • 骨架波动分析(RMSD、RMSF)

  • 热点残基分析(Alanine-scanning, Energy-decomposition)

  • 构象转变分析(PCA、Energy-landscape plotting)

  • 理化性质分析(能量、体积、压强、温度、密度监测)


服务特色与优势

    宝策生物提供分子动力学模拟服务的专业信息科学整体解决方案,已经独立或协助客户完成了大量相关课题,通过实验和计算相辅相承,很多成果都发表在生命医药领域的各类著名SCI期刊。我们的研究人员通常要求对生物实验也有充分的了解,可以通过简单的描述快速了解项目的情况,并视委托方需求,迅速建立一套可行的研究方案,省去大量文献调研的时间。此外,我们与多个高校或研究机构有合作,对于一些复杂问题可以咨询业内专家的意见与建议。全部计算完成之后,可以按照委托方的要求出具中英文分析报告,也可以协助英文学术论文或专利等的写作,以及提供投稿建议等。

服务流程

客户提出需求->初步可行性分析->中大唯信提供研究方案->双方协商修订细节->签订协议->开始服务->付款->提交结果->客户反馈->后续跟进


规格参数